Das Riffsystem von Boracay erstreckt sich über sieben Kilometer diskontinuierliche Korallengärten und säumt die nördlichen und östlichen Küsten der Insel in Tiefen, die selten sechs Meter überschreiten.
Die flachen Gewässer beherbergen 226 dokumentierte Fischarten und 42 Steinkorallengattungen, die sich in drei Meeresschutzgebieten konzentrieren, die 1994 im Rahmen der Durchsetzung des Local Government Code eingerichtet wurden. Crocodile Island, ein vulkanischer Ausläufer 300 Meter vor der Ostküste, bildet den meistbesuchten Standort; die seewärtige Wand fällt auf 15 Meter ab, während die windgeschützten Flachwasserbereiche zwei Meter Sichtweite bieten, die sich für Anfänger beim Schnorcheln eignen.
Die Lage des Archipels im Sibuyan-Meer erzeugt einen Gezeitenaustausch, der die Lagunen von Boracay zweimal täglich erfrischt und nährstoffreiches Wasser durch die Riffkanäle spült. Vormittägliche Abfahrten zwischen 06:00 und 09:00 Uhr fallen mit der Flut zusammen, wenn sich Schwebstoffe absetzen und die horizontale Sichtweite auf 12 bis 18 Meter ansteigt. Bis zum Mittag rauen Südostpassatwinde die Oberfläche auf und der Bootsverkehr der Charterflotte von White Beach mit ihren 200 Schiffen wirbelt die Sandflächen auf. Das Zeitfenster ist entscheidend: Eine bei Sonnenaufgang gestartete Schnorcheltour auf Boracay erreicht das östliche Riff von Crocodile Island, bevor die Strömung dreht, und positioniert Schnorchler über dem Korallenhang, während sich Drückerfische und Papageienfische in der Nähe der Thermokline versammeln.
Crystal Cove, ein privat verwaltetes Inselchen an der Nordspitze, ergänzt die meisten Insel-Hopping-Routen um eine Komponente an Land. Zwei Kalksteinhöhlen durchdringen die Karstformation und sind über Stahlleitern und hölzerne Stege zugänglich, die 2001 installiert wurden. Für den Standort wird eine separate Eintrittsgebühr von 200 Pesos erhoben, die am Inselsteg kassiert wird; die Gebührenstruktur ist unabhängig von den Kosten für den Hauptschnorchelausflug, der Bootstransport, Ausrüstung und Reiseleitung umfasst. Das operative Modell spiegelt die hybride Regierungsführung von Boracay wider – kommunale Gewässer bleiben frei zugängliche Zonen, während bestimmte Landeinrichtungen als konzessionierte Attraktionen betrieben werden.
Die vom Department of Environment and Natural Resources erstellten Indizes zur Riffgesundheit zeigen eine teilweise Erholung im nördlichen Schutzgebiet nach der sechsmonatigen Schließung der Insel im Jahr 2018. Die lebende Korallenbedeckung stieg zwischen 2019 und 2024 von 34 auf 51 Prozent, wobei Acropora- und Porites-Kolonien die Trümmerzonen wieder besiedeln. Die südlichen Riffe in der Nähe des Puka Beach werden weniger stark frequentiert und bieten alternative Tauchpunkte, wenn die Abfahrten von White Beach den östlichen Rundweg überlasten. Bootsbetreiber halten jetzt einen Ausschlussradius von 50 Metern um aktive Festmacherbojen ein, was den Ankerzug auf das Benthos reduziert.
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