Die marinen Schutzzonen von Boracay beherbergen mehr als 220 dokumentierte Korallenarten, eine Dichte, die die Insel zu einem der biologisch bedeutendsten Riffe der Philippinen macht.
Crystal Cove Island, ein privat geschützter Kalksteinfelsen vor der Nordostküste, wurde 1997 nach einem jahrzehntelangen Restaurierungsprojekt, bei dem invasive Vegetation entfernt und natürliche Gezeitenbecken wiederhergestellt wurden, für den regulierten Tourismus geöffnet. Die zwei Unterwasserkammern der Insel, die nur bei Ebbe zugänglich sind, wurden zum Modell für das Naturschutzkonzept der Provinz Aklan. Magic Island und Crocodile Island, zwei weitere Stopps auf den meisten Insel-Hopping-Touren, wurden 2003 zu Zonen ohne Ankerplatz erklärt, um Seegraswiesen zu schützen, die jungen Papageienfischen und Doktorfischen als Kinderstube dienen.
Boracay Schnorchel- & Insel-Hopping-Touren entwickelten sich 2008 zur zweitgrößten Besucheraktivität der Insel, nur noch übertroffen von der Strandnutzung. Tägliche Abfahrten finden das ganze Jahr über von White Beach aus statt, wo Ausleger-Bancas — zweirumpfige Holzschiffe, die in der Visayas-Region einzigartig sind — bereits seit den 1970er Jahren Passagiere befördern. Moderne Sicherheitsprotokolle, die nach der Insel-Sanierung 2018 eingeführt wurden, schreiben Schwimmwesten, die Desinfektion von Schnorchelausrüstung und eine maximale Kapazität von acht Passagieren pro Boot vor. Die Standardroute umfasst je nach Seebedingungen drei bis fünf Inseln, wobei an jeder Riffstation Zeit zum Schnorcheln eingeplant ist. Die namensgebende Felsformation von Crocodile Island, die durch jahrhundertelange Gezeitenwirkung erodiert wurde, markiert den südlichsten Punkt der Route.
Das Meeresabenteuer startet typischerweise zwischen 9:00 und 10:00 Uhr, um den Windböen am Nachmittag zu entgehen, welche die Sicht an der Oberfläche trüben. Die Eintrittsgebühr für Crystal Cove, die separat am Inselanleger erhoben wird, finanziert die private Stiftung, die die Holzstege und Unterwassermarkierungen unterhält. Helmtauchen — ein gewichteter Spaziergang auf dem Meeresgrund mit Luftzufuhr von der Oberfläche — wurde 2015 als Zusatzangebot für Nichtschwimmer eingeführt. Die Inklusivleistungen beim Mittagessen variieren je nach Veranstalter; die meisten servieren gegrillte Meeresfrüchte am Puka Shell Beach, einer nördlichen Bucht, die außerhalb der kommerziellen Zone von White Beach liegt. Die Saison 2026 legte verstärkt Wert auf rifffreundliche Sonnencreme, wobei mehrere Veranstalter beim Einsteigen kostenlose mineralische Sonnencremetuben verteilten.
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