Las zonas marinas protegidas de Boracay albergan más de 220 especies de coral documentadas, una densidad que sitúa a la isla entre los arrecifes biológicamente más significativos de Filipinas.
Crystal Cove Island, un afloramiento de piedra caliza conservado de forma privada frente a la costa noreste, se abrió al turismo regulado en 1997 después de un proyecto de restauración de una década que eliminó la vegetación invasora y reconstruyó las piscinas naturales de marea. Las dos cámaras submarinas de la isla, accesibles solo con marea baja, se convirtieron en el modelo para el proyecto de conservación provincial de Aklan. Magic Island y Crocodile Island, dos paradas adicionales en la mayoría de los circuitos multi-isla, fueron designadas zonas sin anclaje en 2003 para proteger los lechos de pastos marinos que sirven de guardería para peces loro y peces cirujano juveniles.
Los tours de snorkel y salto entre islas en Boracay surgieron como la segunda actividad turística más grande de la isla en 2008, solo detrás de la ocupación de playa. Las salidas diarias operan todo el año desde White Beach, donde las bancas de estabilizadores —embarcaciones de madera de doble casco exclusivas de la región de Visayas— han transportado pasajeros desde la década de 1970. Los protocolos de seguridad modernos introducidos después de la rehabilitación de la isla en 2018 exigen chalecos salvavidas, desinfección de snorkel y una carga máxima de ocho pasajeros por embarcación. El circuito estándar cubre de tres a cinco islas según las condiciones del mar, con tiempo de snorkel asignado en cada estación de arrecife. La formación rocosa que da nombre a Crocodile Island, erosionada por siglos de acción de las mareas, marca el punto más al sur de la ruta.
La aventura marina generalmente comienza entre las 9 a. m. y las 10 a. m. para evitar las ráfagas de viento de la tarde que agitan la visibilidad de la superficie. La tarifa de entrada a Crystal Cove, recaudada por separado en el muelle de la isla, financia el fideicomiso privado que mantiene los senderos y los marcadores submarinos. El buceo con casco —una caminata ponderada a lo largo del fondo marino, respirando a través de una manguera de aire alimentada desde la superficie— se introdujo como un complemento en 2015 para los que no saben nadar. Las inclusiones de almuerzo varían según el operador, y la mayoría sirve mariscos a la parrilla en Puka Shell Beach, una cala del norte excluida de la zona comercial de White Beach. La temporada 2026 vio un énfasis renovado en el protector solar seguro para los arrecifes, con varios operadores distribuyendo tubos minerales de cortesía en el embarque.
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