Le zone marine protette di Boracay ospitano oltre 220 specie di coralli documentate, una densità che rende l'isola una delle barriere coralline più significative dal punto di vista biologico delle Filippine.
Crystal Cove Island, un affioramento calcareo protetto privatamente al largo della costa nord-orientale, è stato aperto al turismo regolamentato nel 1997 dopo un progetto di restauro decennale che ha rimosso la vegetazione invasiva e ricostruito le pozze di marea naturali. Le due camere sottomarine dell'isola, accessibili solo con la bassa marea, sono diventate il modello per il sistema di conservazione provinciale di Aklan. Magic Island e Crocodile Island, due tappe aggiuntive nella maggior parte dei circuiti multi-isola, sono state designate zone di non ancoraggio nel 2003 per proteggere i letti di alghe che nutrono pesci pappagallo e pesci chirurgo giovanili.
I tour di snorkeling e island hopping a Boracay sono emersi come la seconda attività turistica più importante dell'isola nel 2008, subito dopo l'occupazione della spiaggia. Le partenze giornaliere operano tutto l'anno da White Beach, dove le bancas a bilanciere — imbarcazioni in legno a doppio scafo uniche nella regione delle Visayas — trasportano passeggeri dagli anni '70. I moderni protocolli di sicurezza introdotti dopo la riabilitazione dell'isola del 2018 impongono giubbotti di salvataggio, disinfezione dello snorkel e un carico massimo di otto passeggeri per imbarcazione. Il circuito standard copre da tre a cinque isole a seconda delle condizioni del mare, con tempo dedicato allo snorkeling in ogni stazione di barriera corallina. La formazione rocciosa omonima di Crocodile Island, erosa da secoli di azione delle maree, segna il punto più meridionale del percorso.
L'avventura marina parte solitamente tra le 9:00 e le 10:00 per evitare le raffiche di vento pomeridiane che agitano la visibilità superficiale. La tassa d'ingresso di Crystal Cove, riscossa separatamente al molo dell'isola, finanzia il fondo privato che mantiene le passerelle e i segnali sottomarini. Il diving con casco — una camminata zavorrata lungo il fondale marino, respirando attraverso un tubo dell'aria alimentato in superficie — è stato introdotto come componente aggiuntiva nel 2015 per i non nuotatori. Le inclusioni del pranzo variano a seconda dell'operatore, con la maggior parte che serve pesce alla griglia su Puka Shell Beach, una caletta settentrionale esclusa dalla zona commerciale di White Beach. La stagione 2026 ha visto una rinnovata enfasi sulla protezione solare rispettosa della barriera corallina, con diversi operatori che distribuiscono tubetti minerali gratuiti all'imbarco.
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