Les zones marines protégées de Boracay abritent plus de 220 espèces de coraux documentées, une densité qui place l'île parmi les récifs les plus biologiquement importants des Philippines.
Crystal Cove Island, un affleurement calcaire privé au large de la côte nord-est, a été ouvert au tourisme réglementé en 1997 après un projet de restauration d'une décennie ayant éliminé la végétation invasive et reconstruit des bassins de marée naturels. Les deux chambres sous-marines de l'île, accessibles uniquement à marée basse, sont devenues le modèle de conservation provincial d'Aklan. Magic Island et Crocodile Island, deux arrêts supplémentaires sur la plupart des circuits multi-îles, ont été désignés zones sans ancrage en 2003 pour protéger les herbiers marins qui servent de nurserie aux poissons-perroquets et aux poissons-chirurgiens juvéniles.
Les circuits de snorkeling & island hopping à Boracay sont devenus la deuxième activité touristique la plus populaire de l'île en 2008, juste après l'occupation des plages. Les départs quotidiens s'effectuent toute l'année depuis White Beach, où les bancas à balancier — des bateaux en bois à double coque uniques dans la région des Visayas — transportent des passagers depuis les années 1970. Les protocoles de sécurité modernes introduits après la réhabilitation de l'île en 2018 imposent le port de gilets de sauvetage, la désinfection des tubas et une capacité maximale de huit passagers par navire. Le circuit standard couvre trois à cinq îles selon l'état de la mer, avec un temps de snorkeling alloué à chaque station récifale. La formation rocheuse de Crocodile Island, érodée par des siècles d'action des marées, marque le point le plus au sud du parcours.
L'aventure marine démarre généralement entre 9h et 10h pour éviter les rafales de vent de l'après-midi qui perturbent la visibilité en surface. Le droit d'entrée de Crystal Cove, collecté séparément au quai de l'île, finance le fonds privé qui entretient les passerelles et les balises sous-marines. La plongée avec casque — une marche lestée sur le fond marin, en respirant à travers un tuyau d'air alimenté en surface — a été introduite comme option en 2015 pour les non-nageurs. Les inclusions de déjeuner varient selon l'opérateur, la plupart servant des fruits de mer grillés sur Puka Shell Beach, une crique nord exclue de la zone commerciale de White Beach. La saison 2026 a vu un regain d'intérêt pour la crème solaire respectueuse des récifs, plusieurs opérateurs distribuant des tubes minéraux gratuits à l'embarquement.
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