As zonas marinhas protegidas de Boracay abrigam mais de 220 espécies de corais documentadas, uma densidade que coloca a ilha entre os recifes biologicamente mais significativos das Filipinas.
Crystal Cove Island, um afloramento calcário preservado privadamente na costa nordeste, foi aberto ao turismo regulamentado em 1997, após um projeto de restauração de uma década que removeu a vegetação invasora e reconstruiu poças de maré naturais. As câmaras subaquáticas gêmeas da ilha, acessíveis apenas na maré baixa, tornaram-se o modelo para o plano de conservação provincial de Aklan. Magic Island e Crocodile Island, duas paradas adicionais na maioria dos circuitos multi-ilhas, foram designadas como zonas sem ancoragem em 2003 para proteger os leitos de ervas marinhas que servem de berçário para peixes-papagaio e peixes-cirurgiões juvenis.
Os passeios de snorkel e visita às ilhas de Boracay tornaram-se a segunda maior atividade turística da ilha em 2008, perdendo apenas para a ocupação da praia. As saídas diárias operam durante todo o ano a partir de White Beach, onde as bancas outrigger — embarcações de madeira com casco duplo exclusivas da região de Visayas — transportam passageiros desde a década de 1970. Protocolos de segurança modernos, introduzidos após a reabilitação da ilha em 2018, exigem coletes salva-vidas, desinfecção de snorkel e uma carga máxima de oito passageiros por embarcação. O circuito padrão cobre de três a cinco ilhas, dependendo das condições do mar, com tempo de snorkel alocado em cada estação de recife. A formação rochosa de Crocodile Island, erodida por séculos de ação das marés, marca o ponto mais ao sul da rota.
A aventura marinha geralmente começa entre 9h e 10h para evitar as rajadas de vento da tarde que agitam a visibilidade da superfície. A taxa de entrada de Crystal Cove, cobrada separadamente no cais da ilha, financia o fundo privado que mantém os calçadões e marcadores subaquáticos. O mergulho com capacete — uma caminhada com pesos ao longo do fundo do mar, respirando através de uma mangueira de ar alimentada na superfície — foi introduzido como um complemento em 2015 para não nadadores. As inclusões de almoço variam de acordo com o operador, sendo que a maioria serve frutos do mar grelhados em Puka Shell Beach, uma enseada ao norte excluída da zona comercial de White Beach. A temporada de 2026 viu uma ênfase renovada no protetor solar seguro para recifes, com vários operadores distribuindo tubos à base de minerais como cortesia no embarque.
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