El sistema de arrecifes de Boracay se extiende a lo largo de siete kilómetros de jardines de coral discontinuos, bordeando las costas norte y este de la isla en profundidades que rara vez superan los seis metros.
Las zonas poco profundas albergan 226 especies de peces documentadas y 42 géneros de coral duro, concentrados en tres santuarios marinos protegidos, establecidos en 1994 bajo la aplicación del Código de Gobierno Local. Crocodile Island, un afloramiento volcánico a 300 metros de la costa este, es el sitio más visitado; su pared orientada hacia el mar desciende hasta los 15 metros, mientras que las zonas poco profundas ofrecen ventanas de visibilidad de dos metros, adecuadas para esnorquelistas principiantes.
La posición del archipiélago dentro del mar de Sibuyan crea un intercambio de mareas que refresca las lagunas de Boracay dos veces al día, arrastrando agua rica en nutrientes a través de los canales del arrecife. Las salidas matutinas entre las 06:00 y las 09:00 coinciden con la marea alta, cuando el sedimento en suspensión se asienta y la visibilidad horizontal alcanza un máximo de 12 a 18 metros. A mediodía, los vientos alisios del sureste agitan la superficie y el tráfico de barcos de la flota de 200 embarcaciones de White Beach remueve los bancos de arena. El horario es clave: un tour de esnórquel en Boracay iniciado al amanecer llega al arrecife este de Crocodile Island antes de que la corriente cambie, situando a los esnorquelistas sobre la pendiente de coral mientras los peces ballesta y los peces loro se congregan cerca de la termoclina.
Crystal Cove, un islote gestionado de forma privada en el extremo norte, añade un componente terrestre a la mayoría de los itinerarios de salto entre islas. Dos cuevas de piedra caliza atraviesan la formación kárstica, accesibles a través de escaleras de acero y pasarelas de madera instaladas en 2001. El sitio cobra una entrada separada de 200 pesos, recaudada en el muelle de la isla; la estructura de tarifas es independiente del costo principal de la excursión de esnórquel, que cubre el transporte en barco, el equipo y los servicios de guía. El modelo operativo refleja la gobernanza híbrida de Boracay: las aguas municipales siguen siendo zonas de libre acceso, mientras que ciertos atractivos terrestres funcionan como concesiones.
Los índices de salud de los arrecifes recopilados por el Departamento de Medio Ambiente y Recursos Naturales muestran una recuperación parcial en el santuario norte tras el cierre de seis meses de la isla en 2018. La cobertura de coral vivo aumentó del 34 al 51 por ciento entre 2019 y 2024, con colonias de Acropora y Porites recolonizando las zonas de escombros. Los arrecifes del sur cerca de Puka Beach siguen estando menos transitados, ofreciendo puntos de buceo alternativos cuando las salidas desde White Beach saturan el circuito este. Los operadores de barcos observan ahora un radio de exclusión de 50 metros alrededor de las boyas de amarre activas, reduciendo el arrastre de anclas en el bentos.
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